Zwischen dem CVJM Genkingen und der evangelischen Kirchengemeinde Genkingen besteht eine sehr enge und gute Zusammenarbeit. Dies drückt sich auch in der gemeinsamen Nutzung des Gemeindehauses aus. Das Gemeindehaus ist direkt mit der St. Michaelskirche verbunden und wurde 1989 eingeweiht. Neben dem großen Saal stehen mehrere Gruppen- und Sitzungsräume in verschiedener Größe und Ausstattung zur Verfügung.